Полимеразная цепная реакция в реальном времени

Этапы ПЦР-анализа

ПЦР-анализ состоит из следующих этапов.
1. Выделение нуклеиновой кислоты (ДНК или РНК, далее — НК). На данном этапе растительную ткань гомогенизируют и выделяют тотальную НК (как определяемых патогенов, так и растения-хозяина), очищая ее от других соединений, в том числе являющихся ингибиторами ПЦР. Выделение РНК следует проводить только из свежих тканей. Этап занимает около 1-2 часов (время зависит от количества образцов).

1′ (Только для РНК содержащих вирусов). Проведение реакции обратной транскрипции. Так как вирусы растений в большей части являются РНК-содержащими, необходимо провести реакцию обратной транскрипции для наработки на матрице РНК комплементарной ДНК (кДНК). Для проведения реакции обратной транскрипции можно использовать набор производства ООО «АгроДиагностика». Время проведения этого этапа около 1 часа. Для проверки качества выделения РНК ООО «АгроДиагностика» предлагает использовать тест-систему на мРНК гена актина картофеля. Для постановки реакции обратной транскрипции можно использовать другой набор производства ООО «АгроДиагностика» — Комплект реагентов для проведения обратной транскрипции.

2. Постановка ПЦР и анализ результатов. В ходе этого этапа происходит амплификация специфического участка генома патогена (и/или внутреннего контроля). Гомогенные продукты, накопленные в ходе амплификации, можно детектировать различными способами.

При использовании тест-систем на основе ПЦР «в реальном времени» на этом этапе анализ заканчивается. Длительность всего этапа около 2 часов.

При использовании тест-систем в формате FLASH необходимо перенести пробирки в детектор «Джин» и провести детекцию. Длительность этого этапа не более 10 минут.

В случае использования тест-систем с детекций результатов методом электрофореза необходимо провести электрофоерез в агарозном геле в присутствии бромистого этидия. Визуализацию результатов проводят под УФ транслюминатором на длине волны 312 нм. Длительность этапа около 1 часа.

С более подробной информацией о методе ПЦР, его модификациях, особенностях и др. можно ознакомиться на целом ряде сайтов в интернете, в том числе на сайте https://ru.wikipedia.org/wiki/

Все компоненты, необходимые для ПЦР-диагностики конкретного патогена, присутствуют в соответствующих наборах. Необходимо добавить выделенную из образца тотальную ДНК или, в случае диагностики РНК-содержащих вирусов, кДНК синтезированную на выделенной из анализируемого образца тотальной РНК. Все подробности проведения ПЦР и анализа результатов имеются в прилагаемых к наборам инструкциях.

Суть метода полимеразной цепной реакции

Метод основан на выявлении возбудителя по участкам ДНК или РНК. ПЦР напоминает криминалистику, когда преступника находят по частичкам кожи или волосам, оставленным на месте преступления. Поскольку каждый живой организм имеет уникальную структуру ДНК или РНК. Метод позволяет безошибочно идентифицировать микроорганизм, даже если он присутствует в исследуемом материале в минимальных количествах.ПРЦ подходит для выявления скрытого носительства, нетипичных, стертых и прочих форм заразных заболеваний. Диагностика отличается высокой точностью, поэтому практически не дает ошибок и ложных результатов. Анализ часто назначается, как дополнительное обследование, чтобы выявить конкретный тип вируса или микроба.

Словарь терминов:

Внутренний контроль (внутренний контрольный образец, ВКО). Контрольный ген, который присутствует во всех образцах в выборке.Например, GAPDH, ACTB, TBP, HPRT, PPIA, YWHAZ.

Калибровочный образец. Калибровочным называют образец, по которому ведется сравнение полученных данных. Он представляет собой точку отсчета (time-zero). Значение RQ для контрольного образца равно 1, так как в таком случае он сравнивается с самим собой.

Ct = Пороговый цикл. Обычно ПЦР в реальном времени проходит в течение 40 циклов. Пороговый цикл наступает тогда, когда кривая амплификации пересекает линию порога чувствительности прибора (в месте, где график кривой амплификации становится линейным). Это значение необходимо для анализа. Чем выше значение порогового цикла (Ct=30-35), тем меньше мРНК находится в образце, так как нужно больше времени для амплификации необходимого для интенсивной флуоресценции количества копий мРНК. Если значение Ct невелико (10-15), это свидетельствует о том, что ген экспрессируется очень активно. Обычно внутренний контрольный образец имеет меньшее значение Ct, чем исследуемые гены.

Дельта Ct = Ct исследуемого гена – Ct внутреннего контрольного образца

Дельта Дельта Ct = ΔCt образца 1 – ΔCt калибровочного образца

Дельта Ct SD = Стандартное отклонение. Стандартное отклонение рассчитывается программным обеспечением по обработке данных анализа на основании значений Ct в трехкратном повторении. Данные достоверны, если Стд. откл. меньше 0,25. Если Стд. откл. Более 0,25, значению RQ доверять нельзя.

Реплики. Повторения (так называемые реплики) можно разделить на технические и биологические. Технической репликой является амплификация одного и того же материала, биологические реплики предполагают выделение мРНК и амплификацию из разного биологического материала.

RQ = Относительное количество = 2 – ΔΔCt. Значение RQ показывает количество продукта амплификации в технических репликах относительно калибровочного образца. Все образцы в рамках эксперимента будут сравниваться с калибровочным.

Например, если RQ=10, это значит, что в исследуемом образце экспрессия проходит в 10 раз более активно, чем в калибровочном. Значение RQ=0,1 говорит о том, что в исследуемом образце экспрессия проходит в 10 раз менее активно, чем в калибровочном.

Достоверными могут считаться данные, если RQ больше 2 или меньше 0,5. Это зависит от особенностей методики. Не исключено, что для одного и того же образца в один день можно получить значение RQ=0,8, а на следующий – 1,2. Если в ваших образцах предполагается малый разброс RQ (отличие в 1,5 раза от каибровочного образца), для анализа следует сделать биологические реплики образцов и они должны быть очень хорошо очищены. Кроме того, для каждого гена необходимо провести по 2 анализа и использовать ПКО с известным RQ.

RQmin и RQmax = диапазон возможных значений RQ с учетом стандартного отклонения ΔCt. Доверительный интервал должен быть 95%.Если вам необходимо узнать действительную ошибку RQ, следует делать трехкратные биологические реплики. Это позволит выполнить тест Стьюдента для различных групп повторений.

Как это работает?

Сначала вирусную ДНК выделяют из материала, представленного в лабораторию, денатурируют: на этом этапе двухцепочечную ДНК-матрицу нагревают до 94—96 °C, чтобы цепи ДНК разошлись. Затем добавляют так называемые праймеры — начальные звенья цепочки, которые необходимы для старта синтеза новой копии, и так называемую полимеразу — тот самый фермент, который и будет заниматься репликацией ДНК.

Схема: как ДНК-полимераза копирует каждую из цепочек ДНК по отдельности. РНК-праймер изображен белым прямоугольником в начале каждой из двух цепей

Как правило, для лабораторной ПЦР используются ДНК-полимеразы из термофильных бактерий, поскольку в течение реакции смесь многократно охлаждают и нагревают. На следующем этапе в смесь из ДНК, полимеразы и праймеров добавляются нуклеотиды — то есть строительный материал для воспроизводства, после чего емкость с нею нагревается до 37°C, и процесс запускается.

На последующей стадии элонгации полимераза начинает синтез на каждой из двух цепочек разделенной ДНК недостающей пары. Происходит это по принципу комплементарности: фермент присоединяет напротив каждого нуклеотида, из которых состоят ДНК, противоположный. По завершении реакции цикл неоднократно повторяется (см. видео ниже).

Общая схема полимераной цепной реакции. Цифрами обозначены ее этапы. 

В случае с вирусами, содержащими не «двойную» ДНК молекулу, а «одинарную» РНК (а это коронавирусы, или, например, ВИЧ), ученым приходится сначала провести обратную транскрипцию РНК с помощью фермента обратной транскриптазы, а уже потом производить амплификацию по той схеме, что была указана выше. Именно так, собственно, поступает и сам вирус, попадая в клетку, перед тем как встроить свою ДНК в человеческую и приступить к синтезу собственных белков, из которых состоит его «тело» (то есть не генетического материала, а самих вирусных частиц, при ПЦР же, наоборот, копируется генетический материал, а не новые частицы вируса).

Ингибиторы обратной транскриптазы — одни из самых распространенных видов лекарств от ВИЧ-инфекции. К ним относятся, например, зидовудин и ламивудин — самые первые препараты АРВТ, разработанные еще в 80-х.

Производится ПЦР на специальных приборах, амплификаторах, или так называемых термоциклерах (Thermal cycler).

О точности диагностики

В России одобрены к использованию десятки тест-систем для выявления коронавируса. Ключевые характеристики — диагностические специфичность (точность) и чувствительность. Первый параметр показывает способность набора определить конкретный вирус. Второй — возможность обнаружить его части, даже если в биоматериале их очень мало. «Чем эти параметры ближе к ста процентам, тем лучше», — подчеркивает Тамара Силкина.

«Порог чувствительности — общий как для российских, так и для зарубежных тестов: 10³ на миллилитр. То есть должно быть не менее тысячи вирусных геном-эквивалентов на миллилитр образца. «ДНК-технология» заявила о чувствительности 10¹ — десять вирусных единиц на миллилитр. Другой важный показатель — воспроизводимость, то есть возможность получить одинаковый результат в разных условиях. Нужно учитывать и сходимость — отсутствие существенных различий между измерениями, выполненными в одинаковых условиях», — добавляет медик.

Метод ПЦР с обратной транскрипцией хорошо отработан и практически полностью автоматизирован. С момента попадания в лабораторию анализ занимает четыре-шесть часов. В мире эти тесты буквально поставили на поток. Только в Москве, по официальным данным, сделали 12 миллионов анализов.

Поскольку этот метод прямо выявляет возбудителя в организме, его относят к доказательной медицине и рекомендуют учитывать в клинической практике. Однако анализ больших данных говорит, что при массовом использовании ПЦР-тесты часто промахиваются.

Ложнонегативные результаты получаются в 20-66 процентах случаев. Такие данные из литературы приводят исследователи из Сеченовского университета. Вместе с зарубежными коллегами они изучили записи пациентов, госпитализированных в университетскую клинику в апреле — мае. Из 3480 человек, чьи ПЦР-тесты были доступны, примерно половина оказались чистыми. В то же время клиническая картина и КТ легких указывали на коронавирусную инфекцию. Авторы допускают, что в реальной клинической практике ПЦР-анализ не столь и критичен.

«Этиологическая диагностика, которая выявляет причину заболевания, нужна априори, — не соглашается Айрат Мавзютов, заведующий кафедрой фундаментальной и прикладной микробиологии, профессор кафедры лабораторной диагностики Башкирского государственного медицинского университета, руководитель Исследовательского центра «Лаборатория». — При вирусных инфекциях других, сравнимых по чувствительности и специфичности (точности), методов, кроме ПЦР-тестирования, нет».

Важно понимать, объясняет профессор Мавзютов, что клинический диагноз опирается на субъективные данные — анамнез (опрос) и осмотр пациента. На их основании невозможно установить вирусную природу заболевания и тем более какой именно возбудитель его вызвал

Для этого проводятся лабораторные исследования. Получаемые при этом данные, продолжает ученый, намного объективнее, поскольку большинство современных методов лабораторных исследований автоматизировано. Соответственно, на результаты не повлияют случайные факторы: уровень подготовки специалистов, их настроение, «погода в доме» и так далее.

«Диагноз COVID-19 можно поставить, только когда в материале от больного обнаружили РНК вируса SARS CoV-2 методом ПЦР или же антигены этого вируса иммунохимическими методами. Не выявив следов вируса в организме, нельзя говорить о «ковидной» природе заболевания или летального исхода», — утверждает Айрат Мавзютов.

Он обращает внимание на еще один аспект. ПЦР-тест не отличает РНК вируса, способного к репродукции, то есть размножению, от обломков «нежизнеспособных» вирусных частиц

Он лишь позволяет понять, присутствует или нет РНК коронавируса в клетках.

«Пока инфицированные клетки не заменятся на новые, а на это уходит от двух до четырех недель, не исключены положительные результаты. При этом вирус может быть уже «мертвым», человек здоров и никому не опасен», — отмечает профессор. Для уточнения учитываются данные целого ряда дополнительных исследований, позволяющих на лабораторном уровне оценивать остроту воспалительного процесса или образование антител на стадии его завершения.

Внутренний контроль

Внутренний контроль (ВК) позволяет оценить корректность постановки реакции и работоспособность всех компонентов тест-системы. В наших тест-системах используется экзогенный ВК. В реакционную смесь добавляют праймеры и ДНК-матрицу внутреннего контроля в концентрации, не позволяющей амплификации ВК подавлять процесс амплификации фрагментов ДНК диагностируемого патогена.

Размер продуктов амлификации ВК всегда составляет 560 пар нуклеотидов, в то время, как размер продуктов амплификации фрагментов ДНК определяемых патогенов лежит в диапазоне 100-400 пар нуклеотидов. Это обстоятельство позволяет четко различать ампликоны при анализе результатов методом гель-электрофореза. В модификациях ПЦР «в реальном времени» и FLASH-ПЦР детекция сигнала ВК осуществляется в канале HEX, в то время как детекция сигнала амплификации фрагментов ДНК определяемого патогена — в канале FAM.

Независимо от амплификации фрагментов ДНК определяемого патогена всегда должен присутствовать сигнал амплификации ВК. Его отсутствие указывает на то, что либо не были добавлены какие-либо компоненты (в этих случаях сигнал ВК отсутствует во всех пробирках поставленных реакций), либо в выделенной ДНК/РНК присутствуют ингибиторы ПЦР. В последнем случае сигнал ВК присутствует в образце отрицательного контроля, но отсутствует в пробирках с исследуемыми образцами.

Нужно ли сдавать тест при выезде заграницу из Беларуси?

В связи с тяжелой эпидемической обстановкой в мире, ряд государств выдвигает требования, которые должен выполнить любой человек, желающий пересечь государственную границу страны. Подавляющее большинство мировых держав требует предоставить анализ, подтверждающий отсутствие у иностранного гражданина ковида. Однако у каждого государства есть свои нюансы и требования, касающиеся этого медицинского документа. Например, выезжая из Беларуси в Российскую Федерацию, необходимо знать о следующих правилах:

1. Все пассажиры, вне зависимости от возраста, должны предоставить работникам таможенной службы РФ медицинский сертификат от отрицательном результате ПЦР-теста на COVID-19, полученном не ранее, чем за 72 часа до дня пересечения границы.
2. Сертификат должен быть предоставлен в печатном виде, на нескольких языках (российский и английский). Также допускается прием нотариально заверенного перевода на русский язык.

Важно отметить, что эти условия не распространятся на граждан России, пребывающих на родину из Республики Беларусь. Говоря о европейских странах, то они в обязательном порядке требуют предоставление медицинского сертификата об отрицательном результате теста на COVID-19

Однако у них также имеются небольшие различия. В целом, общие условия выглядят следующим образом:

• В сертификате должен быть указан тип теста (антиген, LAMP или PCR).
• Тестирование проводилось не ранее, чем за 48 часов до дня приезда (в некоторых случаях до 72 часов).
• Документ переведен на английский язык.

Данное требование не относится к:

• Граждане страны и иностранцы, постоянно проживающим на территории этого государства, выезжающие из Республики Беларусь (они сдают анализ в месте прибытия).
• Лица до 18 лет (в некоторых европейских странах до 5 лет).
• Моряки торгового флота, владельцы дипломатических паспортов, прибывающие для исполнения своих рабочих обязанностей и со сроком нахождения не более 14 суток.

Поэтому настоятельно рекомендуется заранее сделать тест на ковид в Минске (но не позднее 48 часов до дня отбытия из Беларуси). Как показывает практика, игнорирование этого требования чревато тем, что иностранная таможенная служба просто не пропускает человека без справки. В результате этого он вынуждены улетать обратно, без какой-либо финансовой компенсации.

Тест на ковид в аптеках

Тест-полоски на выявление коронавирусной инфекции предоставляют возможность пройти экспресс-тестирование. Они представляют собой одноразовое пластиковое устройство со встроенной индикаторной полоской, на которую нанесены реагенты. Для проведения диагностики необходима только кровь человека, желающего пройти обследование. Все инструменты для прокола находятся в герметичной упаковке, в условиях полной стерильности, благодаря чему гарантируется профилактика случайного инфицирования. 

Это устройства одноразовое, поэтому использования подлежит утилизации

Важно отметить, что с помощью этого способа диагноз COVID-19 е ставится. Это связано с тем, что таким образом не удается обнаружить вирус в организме, а можно только оценить реакцию иммунной системы

В аптеках Республики Беларусь можно найти тест-полоски на выявление коронавируса от двух производителей: белорусского и китайского. Они отличаются между собой точностью и стоимостью (устройство из Китая стоит в несколько раз дороже). Как указывает сайт поиска лекарств tabletka.by., купить такой метод экспресс тестирования можно в более, чем 90 аптеках Беларуси. Большая часть таких тестов на ковид в Минске (особенно зарубежного производства) и Минской области. Однако в ближайшее время планируется поступление экспресс-полосок в другие крупные года столицы (Витебск, Гомель, Брест и прочие).

Специфичность и применение

ПЦР, как метод молекулярной диагностики, хорошо зарекомендовал себя, проверен временем и тщательно апробирован. Метод ПЦР, в частности, позволяет определить наличие патогена даже в случае, если в пробе присутствует всего несколько молекул нуклеиновой кислоты (ДНК или РНК) диагностируемого возбудителя болезни. ПЦР позволяет выявлять и точно идентифицировать наличие патогенов, включая конкретные штаммы, не прибегая к трудоёмким и, порой, дорогостоящим микробиологическим методам и растениям-индикаторам, что сегодня особенно актуально. Чувствительность и специфичность метода значительно превосходит таковую у иммунохимических и микробиологических методов, а его ключевые принципы позволяют диагностировать наличие инфекций независимо от антигенной изменчивости патогенов.

Сегодня свой выбор в пользу диагностики методом ПЦР-анализа делают в первую очередь на основе того, что данный подход позволяет обнаруживать наличие возбудителей инфекционных заболеваний в тех случаях, когда другими методами (иммунологическими, бактериологическими, микроскопическими) это сделать невозможно. Особенно эффективен метод ПЦР для диагностики трудно культивируемых, некультивируемых и скрыто существующих форм микроорганизмов, с которыми часто приходится сталкиваться при латентных инфекциях.

Специфичность ПЦР основана на образовании комплементарных комплексов между матрицей и специально подобранными высокоспецифичными праймерами — короткими синтетическими олигонуклеотидами длиной 18 — 30 нуклеотидов. Каждый из подбираемых праймеров комплементарен одной из цепей двуцепочечной матрицы, фланкируя с 3’- и 5’-концов амплифицируемый фрагмент ДНК. В зависимости от того какие участки были выбраны для амплификпции (консервативные или вариабельные), можно идентифицировать патоген, как в пределах определенного вида или семейства, так и с точностью до конкретного штамма. Именно от правильности анализа последовательности нуклеотидов целевой ДНК или РНК и сделанного на его основе подбора праймеров зависит специфичность конкретной тест-системы.

В ходе ПЦР на первом этапе под действием высокой температуры (~94°С) происходит денатурация ДНК — разделение антипаралельных цепей двойной спирали. На втором этапе температуру понижают до уровня, при котором праймеры могут комплементарно взаимодействовать с участками геномной ДНК или кДНК (этап отжига праймеров). Если на этом этапе установить слишком низкую температуру, то праймеры будут отжигаться не только на строго специфичных местах и в результате мы получим множество неспецифических фрагментов разного размера. Если же температуру слишком завысить, то праймеры будут «сваливаться» со своего «родного» сайта связывания, в результате чего мы или вообще не получим продукта, или чувствительность тест-системы будет существенно снижена. Поэтому оптимизация температуры отжига в каждом конкретном случае очень важна. На третьем этапе, следующем после отжига праймеров, устанавливают температуру на уровне 64-72°С (значение конкретной температуры оптимизируется) — этот диапазон температур оптимален для используемых в ПЦР термостабильных ДНК-полимераз. На этом этапе и происходит достройка новой цепи ДНК, начиная с праймера (элонгация цепи). Точно воспроизводящийся программируемый цикл денатурация-отжиг-элонгация обеспечивается в специальных приборах — амплификаторах, повторяется 25-45 раз. Поскольку при каждом цикле количество фрагментов ДНК удваивается, то за 35 циклов от одной молекулы ДНК образуется около 1010, что и определяет высокую чувствительность метода, позволяющего достоверно определять присутствие всего 10-100 молекул целевой ДНК в анализируемом материале.

Где сдать тест на коронавирус в Минске

Пройти обследование в столице — это не проблема. В городе присутствует большое количество частных лабораторий, так и государственных медицинских учреждений, позволяющий провести диагностику бесплатно

Обращаясь в поликлинику, важно понимать, что время ожидания своей очереди может затянуться на несколько дней и даже недели (в связи с высоким спросом среди населения). Поэтому оптимальным выходом станет обращение в частные диагностические центры

Это:

1. «СИНЭВО» — лаборатория, позволяющая сдать тест на коронавирус, в среднем, можно за 15-16 рублей.
2. «CORDIS» — это медицинский центр, где можно получить анализ на антитела IgM и IgG.
3. «ИНВИТРО» — тестирование на антитела к SARS-COV-2 обойдется примерно в 24-26 рублей.
4. «СИНЛАБ» — медицинская лаборатория, в которой можно пройти комплексное обследование за 32 рубля.
5. «ЛОДЭ» — медицинский центр, где предоставляется возможности пройти тестирование как на антитела, так и ПЦР.

Мазок у женщин

Для диагностики половых инфекций методом ПЦР у женщин, как правило, берут мазок из влагалища. При беременности действуют стандартные правила подготовки к анализу ПЦР.

• За пару дней до проведения ПЦР нужно отказаться от спринцеваний, средств интимной гигиены.
• За неделю до анализа на инфекции стоит перестать применять любые виды лекарственных препаратов, разумеется, если они не входят в программу подготовки к анализу ПЦР, прописанную врачом.
• За пару дней до обследования нужно начать воздерживаться от полового акта.
• Подмывание в день анализа ПЦР не нужно, гигиена половых органов проводится накануне вечером, используется только теплая вода.
• За пару часов до сдачи анализа мочиться нельзя.

Нарушение микрофлоры полости рта: причины

Дисбактериоз ротовой полости могут спровоцировать самые разные заболевания и проблемы. Нарушение условно-патогенной микрофлоры полости рта чаще всего вызывают такие проблемы, как:

• Заболевания желудочно-кишечного тракта. Сбои работы органов пищеварения приводят к замедлению обменных процессов в организме. Всасываемость витаминов и полезных веществ ухудшается, нарушается баланс бактериальной среды кишечника, что провоцирует проблемы в других органах и системах.
• Снижение иммунитета. Если сопротивляемость организма ухудшается, ротовая полость автоматически становится более уязвимой для патогенной микрофлоры.
• Хронические заболевания. Зачастую небольшой кариес или стоматит, при отсутствии лечения, может из очага воспаления распространиться на всю ротовую полость.
• Вредные привычки, такие как систематический прием алкоголя, курение неизбежно влияют на качество работы слюнных желез. Долгое пересыхание или слишком сильное увлажнение ротовой полости пагубно влияют на состав микрофлоры.
• Неправильное питание и недостаток витаминов ухудшает качество слюны и делает более уязвимой микрофлору полости рта.
• Прием антибиотиков и некоторых лекарственных препаратов, например, гормонов. 

Виды мочеполовых инфекций

Видов урогенитальных заболеваний существует множество. Мы перечислим наиболее распространенные.

Хламидиоз. Передается половым и крайне редко бытовым путем и внутриутробно (от матери к плоду). Может проявляться отеком слизистых, обильными выделениями из половых путей, вплоть до гнойных, но возможно и бессимптомное течение, единственным способом выявить которое является лабораторная диагностика.

Гонорея. Передается половым путем, проявляется обильными выделениями из влагалища, может сопровождаться неприятным запахом, однако возможно и бессимптомное течение.

Трихомониаз. Хотя незащищенный секс является главной причиной инфицирования, не исключена возможность заражения и бытовым путем. Начальные фазы болезни протекают без симптомов. В дальнейшем признаки у мужчин возникают быстрее, чем у женщин. У первых это болезненные мочеиспускания, у вторых — зуд и пенистые выделения.

Микоплазмоз. Мужчины подвержены этому недугу меньше женщин. Основная возможность передачи — секс без презерватива с носителем инфекции. Но инфицирование может также произойти во время родов — от зараженной матери к ребенку. Микоплазмоз может как протекать бессимптомно, так и проявляться выделениями и болезненными ощущениями в гениталиях.

Вирус папилломы человека. Распространен как среди женского, так и среди мужского населения. Передается при половых контактах и бытовым путем. Может сопровождаться наличием новообразований (папиллом) на слизистой и коже, однако возможно и бессимптомное течение, высокоонкогенные типы являются основным фактором, приводящим к раку шейки матки.

Вирус герпеса. Вирус передается половым и контактным путем, поражает слизистые, кожу, и проявляется, в основном, в виде пузырьковых высыпаний. При первичном заражении возможно общее недомогание, повышение температуры тела.

Цитомегаловирус. Чрезвычайно распространенный вирус из семейства герпетических инфекций. Передается через слюну, кровь, сперму. Проявления инфекции может иметь неспецифические симптомы (жар, мигрень, слабость, увеличение лимфоузлов) и проявляется при сниженном иммунитете. Но особую опасность представляет первичное заражение во время беременности.

Кандидоз («молочница»). Возбудителем является условно-патогенный дрожжеподобный грибок Кандида. Считается скорее женским недугом, хотя у мужчин тоже встречается нередко. Может передаваться половым путем, но также может выступать симптомом дисбактериоза. Основными признаками являются зуд, жжение в половых органах и мучнистые или творожистые выделения.

Уреаплазмоз. Также относится к условно-патогенной флоре и может выявляться у здоровых людей. Однако при повышении титра, наличии воспалительного процесса требует лечения. Этому недугу более подвержена молодежь, чаще девушки. Заболевание передается через незащищенный половой акт. Возбудитель провоцирует воспаление в мочевыводящих путях. Процесс может протекать бессимптомно, а может сопровождаться болевыми ощущениями, зудом при мочеиспускании или неприятными выделениями.

Бактериальный вагиноз. Заболевают преимущественно женщины репродуктивного возраста, хотя мужчины могут быть носителями инфекции. Заболевание не является венерическим. Возбудители изначально в небольшом количестве входят в состав естественной микрофлоры влагалища. Проявляться заболевание начинает при воздействии определённых факторов (сниженный иммунитет, дисбактериоз, гормональный фон и др.). Среди симптомов — зуд и жжение в половых органах, неприятно пахнущие выделения, рези при мочеиспускании.

Существует также термин «ХУГИ» (хроническая урогенитальная инфекция), обобщающий различные мочеполовые инфекции. ХУГИ способна вызвать развитие такие недугов, как хронический цистит, аднексит, простатит, пиелонефрит и провоцировать их регулярные рецидивы, а также вызвать мужское бесплодие и женское бесплодие.

Признаки инфекций мочеполовой системы

К распространенным симптомам урогенитальных инфекций относятся:

• расстройства мочеиспускания (учащенное, затрудненное, сопровождающееся жжением, резями, зудом);
• боль, неприятные ощущения внизу живота;
• нетипичные выделения из уретры;
• нетипичные выделения из влагалища у женщин;
• покраснения, налет, пузырьки, эрозии и т.д. на наружных половых органах.

Как мы уже упоминали, многие ИППП зачастую долгое время протекают бессимптомно. При таком положении дел поводом пройти срочную диагностику урогенитальных инфекций должен стать сам факт незащищенного сексуального контакта со случайным партнером или бытового контакта с человеком, чей инфекционный статус вызывает разумные опасения.

Чувствительность

Любая из современных систем ПЦР в реальном времени достигла такого уровня чувствительности, что стало возможно детектировать единичную копию ДНК-матрицы в образце. Чувствительность не зависит от абсолютного значения C_T.

Как было сказано ранее, ключевым фактором для расчета чувствительности метода является эффективность реакции (рисунок 5). Другим важным моментом, связанным с детекцией малого количества копий ДНК является то, что распределение ДНК-матрицы будет отличаться от нормального. Вместо этого, оно будет стремиться к распределению Пуассона: то есть, если мы имеем большую выборку повторений, в каждом из которых, в среднем, по одной копии ДНК-матрицы, то, согласно распределению, в 37% образцов не будет ни одной копии, 37% будут иметь одну копию, а 18%  – по две копии ДНК-матрицы (см. рисунок 9). Следовательно, для того, чтобы обеспечить достаточную достоверность детекции малого количества ДНК, необходимо проводить достаточное количество повторений, для того, чтобы обойти ограничения, связанные с распределением Пуассона.

Рисунок 9. Распределение Пуассона для малого количества копий ДНК-матрицы. Синяя кривая показывает распределение Пуассона для 3,3 пг ДНК (1 копия молекулы ДНК). Фиолетовая – распределение Пуассона для 6,6 пг ДНК (1 клетка, 2 копии молекулы ДНК).

Альтернатива ПЦР-диагностике

В любом случае нужно повышать чувствительность тест-систем на основе ПЦР, заключает Алексей Чемерис, а для этого нужны другие подходы. «Надо сделать так, чтобы ложнонегативных результатов было меньше, практически исключить их», — считает он.

В обзоре, подготовленном вместе с коллегами, профессор Чемерис рассматривает преимущества и недостатки ПЦР-диагностики и других методов амплификации — копировании РНК бетакоронавирусов, к которым относится SARS-CoV-2. Теоретически весьма перспективен метод петлевой амплификации — LAMP, где используют сразу шесть или восемь праймеров.

«С одной стороны, повышается специфичность: только когда все праймеры отожгутся (сработают, распознав РНК коронавируса. — Прим. ред.), начнется амплификация, с другой — вирус мутирует и шансы, что реакция не пойдет, увеличиваются, поскольку какие бы участки генома ни выбрать, все равно вероятность мутаций больше в восьми участках, чем в двух или трех (при использовании гибридизационного зонда), достаточных для ПЦР», — объясняет исследователь.

Во время предшествующей эпидемии SARS возбудителя выявляли с помощью реакции NASBA (амплификации на основе секвенирования нуклеиновых кислот) и RCA (репликации по типу катящегося кольца). Геномный редактор CRISPR-Cas также пробуют применять для идентификации РНК нового коронавируса. Есть работы по полногеномному секвенированию любого генетического материала, находящегося в биоматериале. Метод очень чувствительный, но дорогой и долгий — занимает 20 часов. Так что в ближайшее время ПЦР с обратной транскрипцией останется самым массовым способом обнаружения коронавируса в организме.

ПЦР комплекс

Если вас интересует диагностика ЗППП методом ПЦР, клиника на  Кутузовском проспекте приглашает воспользоваться ее услугами! Записаться на сдачу ПЦР комплекса или анализов по отдельности можно в любое рабочее время. Срок готовности 1-2 дня (для теста «ПЦР качественный») или 2-3 дня (тесты «ПЦР количественный»). Контактная информация представлена на странице ниже.

av_timer

Где сдать ПЦР в Москве

Адрес клиники:
г.Москва, 121165, Кутузовский пр-т, д. 33.
«ЦЕНТР ЖЕНСКОГО ЗДОРОВЬЯ»

Услуги комплексной диагностики, более 1000 анализов ПЦР для женщин и мужчин. Хорошие результаты по разумной цене.
 

Часы взятия материала:
с 10-00 до 21-00 будни,
с 10-00 до 18-00 суббота,
с 10-00 до 18-00 воскресенье.

Записаться онлайн:Женщинам ||| Мужчинам

Дополнительная информация

ПЦР на коронавирус

Ложноположительные и ложноотрицательные результаты

Не всегда сдать анализ на Эпштейн-Барр в СПб означает получить точный ответ с первого раза. Это происходит потому, что возможны ложные результаты ─ как положительные, так и отрицательные. Перед началом лечения приходится повторять исследование несколько раз.

Ложноположительный результат может быть при других воспалительных процессах в организме: панкреатите, гепатите или эпидемическом паротите («свинке»). Антитела обнаруживаются, но их появления вызвано другими причинами. В этом случае исследование повторяют через 10-14 дней, и истина выясняется.

Ложноотрицательный результат (клинические проявления есть, а антител нет) характерен для раннего детского возраста. Это объясняется незрелостью иммунной системы. Такой результат может быть и в первые 2 недели болезни, пока концентрация антител невысока. Повторные исследования исключают ошибку.

Качественное обследование на вирус Эпштейна-Барр в СПб проводится к клинике «МедПросвет».

 Сдать анализы крови на вирусы можно без предварительной записи ежедневно:

• пн.-сб.: 08:30—13:00 (первый забор), 13:00—17:00 (второй забор)
• вс.: 09:30—14:00.

  Для получения результатов анализов по электронной почте необходимо оставить письменное согласие на отправку у администраторов медицинского центра.